基于高通量测序的瑞香狼毒转录组数据分析

• 作者: 刘洪伟 杨艳芳 邱德有
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 瑞香狼毒 转录组 萜类 佛波酯 代谢通路
• 年，卷（期）: 2017,（22）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 4740-4747
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2017.22.024

摘要

目的 获得瑞香狼毒Stellera chamaejasme转录组数据库代谢途径基因序列、SSR以及转座子等信息.方法 以瑞香狼毒根作为受试材料,采用二代测序方法中的Illumina HiSeq 2000进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析.结果 共获得26 785 872个Clean reads片段,拼接得到47 053条Unigenes,平均长度为419nt.将拼装所得到的Unigene序列利用BLAST工具分别与Nr、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库进行比对,分别有11 138和24 744条Unigene在Nr和Swiss-Prot数据库中比对得到了注释信息,可归于36个GO分类,涉及119个KEGG标准代谢通路,进一步分析发现15条萜类生物合成途径的关键酶基因.利用MISA软件发现3 480个SSR,数量最高的SSR类型为单碱基重复,为1 986条,出现频率为57.07％,最少的是六碱基重复SSR,只有5条,出现频率仅为0.14％.利用RepeatMasker在线工具针对瑞香狼毒转录组序列进行转座子预测分析,结果共发现有1 497条转座子,其中E值＜1×10-5的序列有827条,包含22种类型转座子,数目最多的为LINE/L1类型(405条),占比为48.97％,占比最少的为DNA/Ginger、DNA/hAT、DNA/PIF-ISL2EU和LINE/Jockey以及LTR/Lenti类型分别只有1条.结论 对瑞香狼毒进行高通量测序,获得了大量基因序列信息以及SSR和转座子信息,为今后分离克隆瑞香狼毒中佛波酯等有效成分生物合成的关键酶基因以及开展相关分子机制研究提供了数据资源和理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邱德有	中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室国家林业局林木培育重点实验室	33	592	13.0	24.0
2	杨艳芳	中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室国家林业局林木培育重点实验室	8	48	4.0	6.0
3	刘洪伟	河北省科学院生物研究所河北省主要农作物病害微生物控制工程技术研究中心	9	10	2.0	3.0