扁玉螺转录组SSR信息分析

• 作者: 卢玮筱 祁鹏志 陈永霞
• 来源期刊: 浙江海洋学院学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 扁玉螺 SSR MicroSAtellite软件 转录组 引物
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 页码范围: 215-220
• 页数: 6页
• 分类号: Q789
• 字数: 2953字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1008-830X.2018.03.005

摘要

采用生物信息学方法分析扁玉螺转录组文库EST序列(SSR)位点,并且设计简单重复序列(SSR)引物,以期为扁玉螺分子标记辅助育种提供有力的工具.对扁玉螺进行转录组测序采用Illumina HiseqTM高通量测序平台,再利用Mi-croSAtellite(MISA)工具,分析扁玉螺转录组中SSR的重复基元及其分布频率.利用Primer 3软件设计引物,并且通过SS-RFinder筛选出SSR引物.从233853条Unigenes中找到202337个符合条件的SSRs,发生频率为45.34％,SSR位点的出现频率为86.53％.SSR位点中单核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的63.44％,其次为双核苷酸和三核苷酸,分别为24.12％和6.73％.SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T最多,占总SSR的54.15％;其次为双核苷酸AC/GT多,为15.9％.扁玉螺转录组中SSR位点出现频率高,而且类型丰富;大量的SSR分子标记技术有助于扁玉螺分子育种与遗传多样性分析提供更多的依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	卢玮筱		1	1	1.0	1.0
2	陈永霞		1	1	1.0	1.0
3	祁鹏志		1	1	1.0	1.0