离子束重组酵母菌Han0458基因组重复序列的分布特征

• 作者: 冯光文 唐朝 张寒玉 毛培宏 王婷 蔡长龙 钱卫东
• 来源期刊: 微生物前沿
• 学科: 农学
• 关键词: 离子束重组酵母菌 基因组 微卫星DNA 小卫星DNA 散在重复序列
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 页码范围: 115-123
• 页数: 9页
• 分类号: S82

摘要

重复序列是基因组的重要组成部分,对生物的进化、遗传和基因的表达调控有重要作用。为了进一步认识低能离子注入对酵母菌基因组结构的生物学效应,本研究利用生物信息学方法,在离子束重组酵母菌株Han0458全基因组de novo测序的基础上,对其基因组重复序列的分布特征进行了研究。结果表明,重组菌株Han0458基因组串联重复序列227,825 bp,散在重复序列107,439 bp,共占基因组长度的2.46%,重复序列在基因组中出现的频率为0.25个/Kb。微卫星DNA中重复单元拷贝数大多低于15次,其优势碱基类型为三碱基重复,重复单元基序为AAC的微卫星序列数目最多;小卫星DNA重复单元拷贝数小于微卫星DNA,主要分布1~3次,重复单元大于15 bp的小卫星序列数目随着重复单位长度的增加呈下降趋势。散在重复序列中长末端重复序列(LTR)数目最多,滚环(RC)平均长度最长。本研究结果为低能离子注入介导的酵母菌基因组突变与进化提供了分子证据。