利用ChIP-seq/SILAC技术筛选KLF15 的靶向基因SUMO1

• 作者: 吴玲玲 尹忠 徐华 李鸥 洪权 王旭 蔡广研 谢院生 陈香美 马倩
• 来源期刊: 中华肾病研究电子杂志
• 关键词: Krupple样因子15 肾系膜细胞 染色质免疫沉淀联合高通量测序技术 稳定同位素标记细胞培养技术 小类泛素样修饰分子1
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 74-81
• 页数: 8页
• 字数: 7221字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3877/cma.j.issn.2095-3216.2018.02.006

摘要

目的利用ChIP-seq 和SILAC-LC/MS 技术寻找Krupple 样因子(KLF15) 的靶向基因及其结合位点.方法①利用染色质免疫沉淀技术(ChIP) 特异性富集并纯化人原代肾系膜细胞(HRMC) 中可与KLF15结合的DNA片段,通过高通量测序技术(HiSeq) 检测和分析,得到直接与KLF15 结合的基因; ②利用稳定同位素标记细胞培养技术(SILAC) ,重链和轻链同位素标记的培养HRMC,分别对重链实验组(HK) 转染KLF15 质粒,轻链对照组(LC) 转染空载体对照,收集蛋白进行液质谱(LC/MS) 检测,得到过表达KLF15 后的差异蛋白; ③对ChIP-seq 及SILAC 结果进行GO和Pathway分析,同时将二者进行交集筛选出KLF15的靶向基因,而后利用http: / /meme.edi.edu.au/网站获得靶基因的Modifs 并对候选基因小泛素样修饰因子1(SUMO1) 进行ChIP-PCR 及双荧光素酶验证.以SPSS 17.0 统计软件进行统计学分析.结果ChIP-seq 获取了2 478 个KLF15 直接调控的可能靶向基因,SILAC-LC/MS 检测到KLF15 过表达后有1357个差异蛋白,综合ChIP 和SILAC 结果,我们分析得到52 个共同差异表达的基因和(或) 蛋白及其3个modifs,其中5 个蛋白参与细胞增殖相关进程; 结合GO 和Pathway 分析结果,最终筛选出SUMO1 作为KLF15 调控系膜细胞增殖的靶向基因.Motif 分析发现SUMO1 启动子区存在KLF15 的结合序列; 利用ChIP-PCR和双荧光素酶报告基因验证KLF15 转录因子可以直接结合SUMO1 的启动子区并发挥作用.结论KLF15 通过结合SUMO1的启动子区,调节SUMO1的表达.