基于高通量测序的花斑裸鲤转录组及功能分析

• 作者: 吴蓉蓉 夏明哲 晁燕 祁得林 赵永丽
• 来源期刊: 青海大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 高通量测序 花斑裸鲤 转录组
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 农业科学
• 页码范围: 1-8
• 页数: 8页
• 分类号: Q953.3
• 字数: 4929字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13901/j.cnki.qhwxxbzk.2018.01.001

摘要

为了获得花斑裸鲤丰富的转录组信息和功能基因,应用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序技术对花斑裸鲤肝胰脏、肌肉、脑、和肾混合组织转录组进行测序,获得162235条转录本,进一步拼接得到110231条单基因序列(unigene),平均长度745 bp.利用生物信息学方法对所有unigenes与美国国立生物技术信息中心(NCBI)的非冗余蛋白质数据库(Nr)进行相似搜索(E-value≤10-5),结果共有34532个unigenes(31.32％)与数据库中的已知基因同源.此外,GO功能注释将unigene分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类56分支,依据KOG功能注释可分为26个功能组分,依据KEGG代谢通路分析可以分成5大类267小类.通过转录组测序数据及功能注释,进一步了解了更多花斑裸鲤的生物学特性、基因的分子功能、参与的生物过程、所处的代谢途径和信号通路.同时,获得了79条与天然免疫相关的同源序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	祁得林	青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室	26	201	8.0	13.0
2	晁燕	青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室	17	96	6.0	9.0
3	夏明哲	青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室	4	16	3.0	4.0
4	赵永丽	青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室	1	4	1.0	1.0
5	吴蓉蓉	青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室	5	16	3.0	3.0