冬枣COBRA基因家族全基因组鉴定及表达分析

• 作者: 庞晓明 田菊 盛松柏
• 来源期刊: 分子植物育种
• 关键词: 冬枣 COBRA基因家族 系统演化分析 基因表达
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 基因组学及功能基因
• 页码范围: 61-68
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13271/j.mpb.016.000061

摘要

COBRA作为一类GPI锚定蛋白,主要作用于细胞伸长与纤维素沉积.本研究在“冬枣”全基因组中成功地鉴定到10个冬枣COBRA相似基因(ZjCOBL),并对该基因家族成员进行生物信息学分析,还研究了各成员在‘冬枣’7个不同组织中的表达模式.所有潜在的COBRA相似蛋白都具有CCVS保守结构域,其中8个相似蛋白具有N端信号肽序列,big-PI程序预测出7个蛋白为潜在的GPI锚定蛋白.根据基因结构和系统演化分析等依据,冬枣中的COBRA相似蛋白可以分为两个亚家族(SFs),其中SF Ⅰ亚家族氨基酸相似性为43.3％到79.9％,SFⅡ亚家族为58.3％到67.9％.10个ZjCOBL基因分别位于枣树12条染色体中的5条染色体和一段scaffold上.Real-time RT-PCR试验表明,所有zjCOBL基因在冬枣各个器官和不同生长时期均有表达.其中,ZjCOBL7与番茄上的SlCOBRA-like为直系同源基因,具有相似的表达模式,推测ZjCOBL7可能与枣果实的质地和成熟软化相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田菊		6	21	3.0	4.0
2	庞晓明		14	74	3.0	8.0
3	盛松柏		1	0	0.0	0.0