胶质母细胞瘤相关基因的筛选和生物信息学分析

• 作者: 何堪生 康涛 张一丹 曹冰清 王涛
• 来源期刊: 医学分子生物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 胶质母细胞瘤 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 192-198
• 页数: 7页
• 分类号: Q784
• 字数: 4317字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3870/j.issn.1672-8009.2018.04.002

摘要

目的 使用生物信息学的方法寻找胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)的致病基因并为后续深入研究其治疗提供潜在靶点.方法 从GEO数据库中下载基因芯片数据GSE104267,同时利用数据库自带的GEO2R在线分析工具筛选出正常组织与GBM的差异表达基因.然后运用Funrich软件和Cytoscape中ClueGO插件分别对差异表达基因进行GO分析和Reactome通路富集分析,接着再使用STRING和Cytoscape软件来构建蛋白相互作用网络,最后使用cytoHubba插件提取互作网络中的关键基因.结果 筛选出653个差异表达基因,其中上调的基因222个,下调的基因431个.GO分析表明差异表达基因主要细胞通讯、信号转导以及免疫应答等生物学过程.Reactome通路分析表明差异表达基因主要与免疫系统、 白介素-10以及γ-干扰素等密切相关.RAC2、PTPRC、ITGB2、CCL2、TLR2为筛选出来的关键基因.结论 运用生物信息学筛选出GBM中的差异表达基因,其中数个基因已被报道参与GBM的病理过程,剩余基因虽有报道可影响多种肿瘤的发生发展进程,但尚未在GBM中报道,提示其可能是治疗GBM的新靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何堪生	陕西省人民医院神经内二科	10	31	4.0	5.0
2	王涛	陕西省人民医院神经内二科	37	180	8.0	12.0
3	曹冰清	陕西省人民医院神经内二科	18	33	4.0	4.0
4	康涛	陕西省人民医院神经内二科	8	14	2.0	3.0
5	张一丹	陕西省人民医院神经内二科	1	1	1.0	1.0