生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤的核心基因

• 作者: 唐慧敏 夏学巍 廖红展 彭志柱 李清华 柯帅 王文波 邱县生
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 农学
• 关键词: 胶质母细胞瘤 mRNA 核心基因 KCNAB2 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 56-64
• 页数: 9页
• 分类号: S857.14+1
• 字数: 5181字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/201907004

摘要

多形性胶质母细胞瘤(GBM)是成人最常见的恶性神经上皮肿瘤,关于其诊断和治疗的靶点研究一直是困扰研究者的难题.采用生物信息学的方法对GBM的基因表达信息进行分析,从TCGA中共获取169例GBM样本,正常脑组织样本5例,共17847个基因.筛选出差异基因3184个,利用Gene Ontology(GO)富集分析和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)对差异基因的功能进行富集分析.利用STRING工具和cytoscape构建蛋白互作网络,连通性得分最高的被筛选为核心基因.联合ONCOMINE平台对核心基因进行表达分析.采用Kaplan?Meier法绘制核心基因生存曲线,了解核心基因对GBM患者生存时间和生存几率的相关性.共筛选出上调差异基因1582个,下调差异基因1601个.BottleNeck算法中连通性得分前十被选为核心基因,联合ONCOMINE分析,KCNAB2在GBM中低表达.KCNAB2的过表达预测了GBM患者更短的生存时间.相较于正常脑组织,KCNAB2在GBM中低表达.而当KCNAB2过表达时,GBM患者的生存时间明显缩短.但是,核心基因KCNAB2在GBM患者生存时间中的影响机制和存在价值仍需要进一步的研究去验证.