应用生物信息学挖掘肝母细胞瘤发病差异基因

• 作者: 伍耀豪 周嘉嘉 张杰 曾乐祥 邓小耿 邱荣林 陈子月
• 来源期刊: 岭南现代临床外科
• 学科: 医学
• 关键词: 肝母细胞瘤 生物信息学 基因芯片 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 论著与临床研究
• 页码范围: 128-132
• 页数: 5页
• 分类号: R735.7
• 字数: 2941字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009?976X.2018.02.002

摘要

目的 筛选肝母细胞瘤(hepatoblastoma)组织与小儿正常肝脏组织中的差异表达基因,探究肝母细胞瘤的发病机制,为其诊断和治疗提供新方向.方法 从GEO数据库中检索获取肝母细胞瘤组织和小儿正常肝脏组织的芯片数据,通过R语言软件RSTUDIO筛选芯片中的差异表达基因,使用DAVID数据库对筛选所得的差异表达基因进行功能注释,通过STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,并进行中心性分析.结果 经筛选共获得肝母细胞瘤组织中290个差异表达基因,其中上调基因99个,下调基因191个(P<0.05).GO(Gene Ontology)功能注释分析显示,上调差异基因主要涉及细胞分裂、细胞外外泌体、金属离子结合等94个功能簇,下调差异基因主要涉及脂蛋白代谢、细胞外外泌体、血红素结合等100个功能簇.蛋白质相互作用网络分析示IMPDH2、AGXT、ALDH1A1、ALDH2、PFAS、SERPINC1、AGXT2、KNG1、APOA1、MAT1A、APOC3和HSD17B612个基因为与其他节点关系最密切的核心调控基因.结论 通过多种生物信息学方法联合分析三组高通量基因芯片,获得了肝母细胞瘤组织与正常小儿肝脏组织间的差异表达基因,并进一步从不同角度分析肝母细胞瘤异常增殖、转移等恶性生物学过程的发生机制,为肝母细胞瘤的诊断和治疗提供新方向.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周嘉嘉	中山大学孙逸仙纪念医院小儿外科	40	203	6.0	13.0
2	邓小耿	中山大学孙逸仙纪念医院小儿外科	23	67	5.0	6.0
3	张杰	中山大学孙逸仙纪念医院小儿外科	36	102	6.0	8.0
4	伍耀豪	中山大学孙逸仙纪念医院小儿外科	13	31	4.0	5.0
5	曾乐祥	中山大学孙逸仙纪念医院小儿外科	9	26	3.0	4.0
6	邱荣林	中山大学孙逸仙纪念医院小儿外科	7	15	3.0	3.0
7	陈子月	中山大学孙逸仙纪念医院小儿外科	1	0	0.0	0.0