基于糙皮侧耳转录组测序挖掘降解木本基质的候选功能基因

• 作者: 宋倩 宋瑞清 杜亚荣 王建国 耿楠楠 赫俊阳 魏珊珊
• 来源期刊: 吉林农业大学学报
• 关键词: 糙皮侧耳 转录组 高通量测序 差异基因
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 页码范围: 164-170
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13327/j.jjlau.2018.3952

摘要

采用Illumina HiSeq 4000 SBS高通量测序平台对糙皮侧耳[Pleurotus ostreatus (Jacq.:Fr.) Kummer]的转录组进行测序,挖掘糙皮侧耳降解木质基质的候选功能基因.共得到糙皮侧耳转录本序列64 228条,单基因序列46 417条.使用Blast工具将转录本序列比对到NR、Swissprot、KEGG、String、Pfam等数据库中,并有33 736条序列得到注释.通过对差异基因的对比和筛选,得到1 408条差异表达基因,其中有1 183条基因为上调基因,通过GO富集分析表明,差异基因显著富集于木质素分解代谢过程、锰过氧化物酶活性、苯丙素分解代谢过程中.将差异基因比对到KEGG数据库中,共有313条得到注释的序列,对其进行Pathway富集分析,证明差异基因显著富集于氨基苯甲酸降解、色氨酸代谢、β-丙氨酸代谢等通路中.c27028_g1、c28624_g1、c30793 g1、c30849_g1等基因与木质素降解过程相关性较高.c24893_g1、c29559_g1、c29956_g2等基因与纤维素降解过程相关性较高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋瑞清	东北林业大学林学院	135	1110	17.0	24.0
2	王建国	东北林业大学林学院	6	36	3.0	6.0
3	宋倩	东北林业大学林学院	2	1	1.0	1.0
4	耿楠楠	东北林业大学林学院	2	0	0.0	0.0
5	魏珊珊	东北林业大学林学院	1	0	0.0	0.0
6	赫俊阳	东北林业大学林学院	1	0	0.0	0.0
7	杜亚荣	东北林业大学林学院	1	0	0.0	0.0