金针菇基因组测序与组装策略分析

• 作者: 仝宗军 刘媛媛 徐伟南 谢宝贵 谢路昱 韩星 黄蓉梅
• 来源期刊: 菌物学报
• 关键词: de novo组装 组装策略 二代测序 三代测序 金针菇
• 年，卷（期）: 2018,（12）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1578-1585
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13346/j.mycosystema.180183

摘要

采用二代和三代测序技术分别对金针菇单核体菌株“6-3”进行测序,应用4种组装策略进行基因组的de novo组装,对比组装效果.基因组组装的参数方面,仅使用二代测序组装的效果最差,长度大于10kb的Contig全长只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,组装率只有59.27％.采用三代组装二代校正的组装策略效果最好,长度大于10kb的Contig全长为38.3Mb,Contig N50为2.8Mb,组装率高达92.16％.保守单拷贝基因拼接效果方面,4种组装策略获得基因组序列与BUSCO数据库里的担子菌的保守单拷贝基因比对,基因完整性均大于94％.在组装准确性方面,经过PCR扩增、Sanger测序验证,三代组装二代校正的基因组序列完整并且连续,同时序列上碱基的SNP、InDel数量最少.综上所述,三代组装二代校正得到的基因组序列具有Contig N50值大、组装率高、碱基准确性高的特点,是食用菌基因组测序较为理想的方案.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢宝贵	福建农林大学菌物研究中心	186	1536	20.0	28.0
2	刘媛媛	福建农林大学菌物研究中心	8	17	3.0	4.0
3	徐伟南	福建农林大学园艺学院	5	9	2.0	3.0
7	仝宗军	福建农林大学菌物研究中心	7	7	1.0	2.0
8	谢路昱	新加坡国立大学计算机学院	3	8	2.0	2.0
9	黄蓉梅	福建农林大学菌物研究中心	6	11	2.0	3.0
10	韩星	福建农林大学园艺学院	3	6	2.0	2.0