基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密

• 作者: 夏军辉 宋波涛 徐竹清 曹红菊 李竟才 肖桂林
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 马铃薯 SSR 标记开发 遗传图谱 QTL
• 年，卷（期）: 2018,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1551-1562
• 页数: 12页
• 分类号: S532
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-0301

摘要

本研究检索了马铃薯全基因组范围内的SSR序列,并分析了其分布特点.通过开发设计位于目标染色体上的SSR引物,对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性QTL定位.结果表明,马铃薯基因组上分布着28 609条SSR序列,平均分布于12条染色体上.其中2碱基、3碱基和4碱基基序SSR序列分别有15 943、11 053和1 613条,富含A或T的SSR数分别占2碱基、3碱基和4碱基基序SSR总数的88.6％、45.0％和26.0％.根据SSR序列两侧保守的侧翼序列,设计了位于5号染色体(chr05)上的SSR引物40对,其中有35对能有效扩增,20对引物的目标片段有多态性,13对引物的32个多态性位点定位到chr05上,将平均标记间距从9.0 cM缩小为1.7 cM,低温糖化抗性QTL的2 LOD置信区间从26.0 cM缩小为4.0 cM;6号染色体(chr06)上新设计SSR引物59对,有54对能有效扩增,25对引物的目标片段有多态性,12对引物的30个多态性位点被定位到chr06上,将平均标记间距从5.5 cM缩小为3.5 cM,低温糖化抗性QTL区间从9.0 cM缩小为3.7 cM.研究结果为抗低温糖化QTL的图位克隆奠定了良好基础,为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记.