苹果OFP基因家族的全基因组鉴定与非生物逆境表达分析

• 作者: 李睿 王小非 许瑞瑞 郝玉金
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 苹果 OFP基因家族 系统进化 胁迫 基因表达
• 年，卷（期）: 2018,（10）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 1948-1959
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2018.10.014

摘要

[目的]从苹果全基因组中鉴定OFP (OVATE family protein)家族蛋白成员,对其进行基因结构特征、组织表达及非生物逆境等系统分析,为研究苹果OFP的潜在功能提供理论基础.[方法]利用生物信息学手段,在苹果基因组数据库中筛选鉴定OFP基因家族成员;利用MEGA5.0软件进行系统进化树分析;通过MapDraw和GSDS等生物信息学工具分析基因结构及染色体定位;根据已有的苹果芯片数据库结果进行OFP基因表达谱分析;利用实时荧光定量PCR技术检测13个MdOFP的组织表达和诱导表达情况.[结果]苹果OFP基因家族包含28个成员,根据系统进化关系将其分为4组,分别包含13、6、4和5个成员;苹果中13条染色体上均有OFP基因分布,其中第12条染色体最多,有6个MdOFP成员,该基因家族的分布具有广泛性;芯片表达谱分析结果表明该类基因家族在花、果实和叶中的表达量较高,qRT-PCR验证结果较一致;经NaC1和PEG处理后,苹果根部与地上部呈现出不同程度的响应差异,NaCl处理明显诱导两组织中MdOFP04和MdOFP20的表达,MdOFP01、MdOFP12和MdOFP18的表达在根部与地上部组织则相反;温度胁迫明显影响MdOFPs的表达量,其中MdOFP04和MdOFP17经高温和低温胁迫处理后均明显上调.[结论]苹果OFP基因家族共有28个成员,分布于13条染色体上,该家族成员呈现出不同的组织表达模式和胁迫响应模式.