银黑狐TYRP1基因CDS区鉴定及生物信息学分析

• 作者: 刘艳军 刘铮铸 尹生辉 巩元芳 张文香 彭永东 徐桂利 李佩国 李祥龙 牛迪 石刚
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 银黑狐 TYRP1基因 RT-PCR 染色体步移 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 1228-1236
• 页数: 9页
• 分类号: S813.3|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2018.06.30

摘要

为了探明酪氨酸酶相关蛋白1 (TYRP1)基因对狐狸毛色的调控机制,本研究利用RT PCR、染色体步移和核酸测序等技术,获得了银黑狐TYRP1基因完整编码区(coding DNA sequence,CDS),利用ProtParam和PredictProtein 等在线软件对该基因进行了生物信息学分析,并利用Lasergene7.1软件包进行银黑狐与其他物种间的同源性分析及系统进化树的构建.结果表明,银黑狐TYRP1基因CDS区共计1 614 bp,编码537个氨基酸残基,属于不稳定可溶性亲水蛋白质.亚细胞定位主要在内质网和高尔基体中,属于分泌蛋白.在第24和25个氨基酸之间存在1个裂解位点,存在信号肽.其属跨膜蛋白,包括跨膜域、胞外域和胞内域3个部分.二级结构以无规则卷曲为主(59.03％),α-螺旋占22.91％,属卷曲蛋白质.三级结构与二级结构预测结果基本一致,主要是由无规则卷曲和α-螺旋构成.银黑狐与其他10个物种间的相似度为88.6％％～99.6％,说明物种之间同源性较高,TYRP1基因编码区在进化过程中保守性较强.系统进化分析提示,银黑狐与赤狐和家犬的遗传亲缘关系最近.银黑狐TYRP1基因编码区的成功获取及分析为进一步探讨其在毛色形成过程中的功能研究提供了较好的理论依据.