人TIM-4基因启动子的生物信息学分析

• 作者: 吴从平 张吉梅 杨凌骏 苗增民 赵宝昌 郭福军 马亚鹏
• 来源期刊: 泰山医学院学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 人TIM-4基因 启动子 生物信息学 转录因子
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 979-982
• 页数: 4页
• 分类号: Q78
• 字数: 3265字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-7115.2018.09.005

摘要

目的 探讨T细胞免疫球蛋白粘蛋白分子-4(T cell immunoglobulin and mucin domain containing 4,TIM-4)基因启动子区的序列特征、转录因子及其结合位点.方法 NCBI数据库中获取TIM-4基因启动子2500bp区域,利用Promoter 2.0,Neural Network Promoter Prediction,Promoter SCAN预测TIM-4基因5'端上游的启动子数目及分布;利用CpG Island Promoter Detection与CpG finder预测CpG岛位置;利用AliBaba 2.1程序搜索TRANSFAC数据库,预测与TIM-4结合的潜在转录因子及结合位点.结果 TIM-4基因序列定位于5q 33.2,序列全长为47505 bp;TIM-4基因上游至5'侧翼共2500 bp的序列中存在两个启动子区;启动子序列中未发现CpG岛;TIM-4启动子区共发现187个转录因子结合位点.结论 生物信息学在线软件能预测TIM-4基因启动子功能,提高研究启动子的效率,为后续实验构建TIM-4基因启动子表达载体及启动子的定位和功能分析提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴从平		14	111	8.0	10.0
2	赵宝昌		4	3	1.0	1.0
3	苗增民		10	83	5.0	9.0
4	马亚鹏		2	4	1.0	2.0
5	张吉梅		3	6	1.0	2.0
6	杨凌骏		1	1	1.0	1.0
7	郭福军		1	1	1.0	1.0