基于山茶转录组的SSR标记开发及亲缘关系分析

• 作者: 何丽波 李纪元 李绍翠 殷恒福 潘丽芹 范正琪
• 来源期刊: 北京林业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 山茶 转录组 SSR 标记 亲缘关系
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 林学
• 页码范围: 111-120
• 页数: 10页
• 分类号: S794.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.13332/j.1000-1522.20190101

摘要

[目的]开发基于山茶转录组的EST-SSR分子标记,并应用该标记进行山茶种质的亲缘关系分析.[方法]本研究以山茶叶片转录组测序所获得的50 518条Unigenes为背景数据,利用MISA软件搜索SSR标记,设计并筛选SSR多态性引物,对8份山茶种质进行了UPGMA聚类.[结果]共检索到13 197个SSR位点,SSR的发生频率和分布频率分别为19.52％、26.12％,平均分布距离为4.33 kb;在6种SSR重复类型中,以单、二、三核苷酸这3种重复类型为主,分别占48.420％、34.917％和15.473％;出现频率高的基序类型为A/T、AG/CT和AT/TA,占总SSR位点的79.61％;三核苷酸中以AAG/CTT、ACC/GGT、AAT/ATT类型居多;在设计出的10 974对引物中,随机选用其中90对引物进行多态筛选,73对引物扩增产物与预期大小一致,有效扩增率为81.11％,29对引物存在扩增多态性,占39.73％.扩增得到72个等位基因,有效等位基因数平均达到3.264;观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.208和0.638,引物多态信息含量平均为0.496;8份山茶种质在相似系数为0.58时,可以分为4类:山茶原种为Ⅰ类,‘黑蛋石’、‘红叶黑魔法’和‘黑骑士’为Ⅱ类,‘黑魔法’和‘金华美女’分别为Ⅲ类和Ⅳ类.[结论]山茶转录组测序的Unigenes信息可作为SSR标记开发的有效来源,为山茶的遗传多样性研究、亲缘关系鉴定以及分子标记辅助育种等奠定了一定的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李纪元	中国林业科学研究院亚热带林业研究所	104	1461	20.0	34.0
2	范正琪	中国林业科学研究院亚热带林业研究所	69	596	14.0	20.0
3	殷恒福	中国林业科学研究院亚热带林业研究所	21	62	5.0	7.0
4	潘丽芹	中国林业科学研究院亚热带林业研究所	24	46	4.0	5.0
6	何丽波	中国林业科学研究院亚热带林业研究所	24	60	4.0	6.0
10	李绍翠	中国林业科学研究院亚热带林业研究所	1	0	0.0	0.0