厚朴转录组特征分析及EST-SSR标记的开发

• 作者: 杨志玲 杨旭 程小燕 谭美
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 厚朴 转录组 Illumina-Solexa测序技术 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1318-1329
• 页数: 12页
• 字数: 5458字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2019.07.1318

摘要

为探明厚朴的基因组信息,开发合适的生物学工具以促进厚朴的遗传育种,本研究利用Illumina-Solexa测序技术对厚朴根、茎皮、叶不同组织的9个样本进行转录组分析,获得大量的序列信息,并以转录组序列为基础进行厚朴SSR分子标记的大规模发掘.结果 表明,共获得了109 526条厚朴转录组序列,平均序列长度为1 023 bp,通过与蛋白数据库NR、Swiss-Prot、GO、KOG和KEGG五个数据库比对,分别有6 0361、39 942、65 535、51 351和27 310条厚朴转录组的Unigene被注释;厚朴转录组表达信息进行大通量SSR位点的发掘,发现了含SSR位点的序列25 925条,共27 721个SSR位点,SSR出现的频率为23.67％.厚朴转录组共发现了374种碱基重复模式,且CT/GA和AG/TC是主要的双碱基重复序列,AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三碱基重复序列;随机挑选的180对SSR引物中有104对产生清晰可重复的条带,21对引物具有多态性,厚朴SSR引物多态性较高.本研究结果为厚朴及近缘种的遗传多样性分析、遗传图谱构建及比较基因组研究奠定了一定的理论基础.