辐射诱导lncRNA LOC102606465靶基因的筛选及生物信息学分析

• 作者: 余昶 刘瑞雪 周美娟 王治东 王琪 黄金凤
• 来源期刊: 中华放射医学与防护杂志
• 关键词: 生物信息学分析 基因芯片 LOC102606465 电离辐射
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 放射生物学
• 页码范围: 801-806
• 页数: 6页
• 字数: 3852字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-5098.2019.11.001

摘要

目的 筛选电离辐射诱导的长链非编码RNA LOC102606465靶基因,探索其潜在生物学功能.方法 基因芯片检测LOC102606465下游差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),qRT-PCR对部分DEGs进行验证.对DEGs进行GO和KEGG功能富集分析,构建PPI蛋白互作网络,以筛选显著模块及关键枢纽基因.结果 siRNA-447和siRNA-541的LOC102606465表达量显著低于siRNA-NC,差异具有统计学意义(t=29.095、13.751,P<0.01).siRNA-447,siRNA-541共同变化的DEGs有374个(112个上调,262个下调).qRT-PCR验证发现DEGs表达变化趋势与基因芯片结果一致.GO富集分析发现,下调DEGs显著富集于"氧化还原酶活性作用集群"(分子功能),"基底层"(细胞组分),"铵离子代谢过程"(生物过程);上调DEGs显著富集于"蛋白磷酸酶抑制剂活性"(分子功能),"SNARE复合体"(细胞组分),"纤维蛋白溶解负调节"(生物过程).KEGG分析发现,DEGs显著富集在外源物质细胞色素P450代谢通路,背腹轴形成信号通路,溶酶体信号通路,甘油酯代谢通路和P53信号通路.基于STRING数据库构建蛋白互作网络(包括194个节点与268个边缘),筛选出1个显著功能模块和5个关键枢纽基因ACTRT3、CDKN1A、DPYD、TMP4、PRKACB.结论 LOC102606465可能是调节电离辐射敏感性潜在的生物标志物,其表达下调在细胞响应辐射过程中发挥重要作用,并有望成为调节辐射敏感性的重要靶标.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	余昶	南方医科大学公共卫生学院放射医学系广东省热带病研究重点实验室	2	1	1.0	1.0
2	王琪	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	1	0	0.0	0.0
3	刘瑞雪	南方医科大学公共卫生学院放射医学系广东省热带病研究重点实验室	1	0	0.0	0.0
4	黄金凤	南方医科大学公共卫生学院放射医学系广东省热带病研究重点实验室	4	3	1.0	1.0
5	王治东	军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所	2	0	0.0	0.0