基于转录组的‘黄花2号’水仙ARF基因家族分析

• 作者: 刘洋 李全超 李琳 杨征帆 肖瑶宇 陈晓静
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 水仙 转录组测序 ARF家族 生物信息学分析 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 687-694
• 页数: 8页
• 分类号: S668.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.11020

摘要

生长素反应因子(Auxin response factors,ARFs)在植物生长发育过程调节生长素响应基因表达中发挥着重要的作用.为了解多花水仙ARF家族,基于转录组数据,通过NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库、NCBI网站和在线软件SMART的注释筛选,利用ExPASy-ProtParam tool、SOPMA、Prot Comp、MEME、MAGA和Heml软件进行氨基酸理化性质、蛋白二级结构、亚细胞定位、保守基序、系统进化树和小鳞茎萌发不同时期的表达模式分析.共筛选得到21个ARF家族基因,生物信息学分析12个全长基因蛋白长度在193-1 096 aa之间,预测的分子量(Mr)为20.46-122.2,等电点为5.19-7.97,全部为不稳定的亲水蛋白,亚细胞定位预测均位于细胞核中.进化树和基序分析表明,21个NtARF蛋白分为3个大组,GlassⅢ进一步被分为3个亚组,分支相近的ARF转录因子具有相同或相近的基序.NtARF8、NtARF13、NtARF 15、NtARF17和NtARF21都展现较高的表达模式,可能是通过正向调节生长素的含量来促进小鳞茎的萌发.本研究表明,NtARF家族可能在多花水仙扦插繁殖过程中发挥着重要作用,结果可为将来深入研究多花水仙ARF基因家族的功能奠定基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈晓静		50	367	11.0	17.0
2	李琳		17	8	2.0	2.0
3	肖瑶宇		7	2	1.0	1.0
4	刘洋		11	3	1.0	1.0
5	李全超		6	2	1.0	1.0
6	杨征帆		1	0	0.0	0.0