版纳微型猪近交系STRA8基因克隆及功能生物信息学分析

• 作者: 张霞 李罗刚 潘伟荣 王淑燕 王配 王雪飞 霍金龙
• 来源期刊: 云南农业大学学报（自然科学）
• 学科: 农学
• 关键词: STRA8 版纳微型猪近交系 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 432-439
• 页数: 8页
• 分类号: S828.2
• 字数: 4742字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201803042

摘要

[目的]以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)为材料,初步研究STRA8基因的功能,为该基因在猪精子形成过程的作用研究奠定基础.[方法]以GenBank下载的猪STRA8基因序列JQ965783及多条猪EST序列为参考序列,设计特异性引物扩增版纳微型猪近交系(BMI) STRA8基因.对STRA8蛋白质进行理化特性和功能生物信息学分析,包括二级结构、蛋白功能域、疏水性、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点以及蛋白质功能分析;搜索并下载其他物种的STRA8蛋白质序列构建多物种系统进化树.应用实时荧光定量PCR技术检测BMI STRA8在版纳微型猪近交系15个组织中的mRNA转录表达水平.[结果]获得了包含编码序列1101 bp的全长序列1 316 bp,编码366个氨基酸,序列已提交GenBank,基因登录号KU705622,蛋白质分子量(Mw) 41.06 ku,等电点(pI) 4.52.STRA8二级结构中α螺旋含量最高,占52.19％;含有1个蛋白功能域;在氨基端有1个HLH结构域和1个卷曲螺旋区域,在羧基端有2个低复杂度区域;疏水性结果表明STRA8基因N末端、C末端均亲水;无跨膜结构,无信号肽序列;该蛋白质位于细胞核中的概率是56.5％;STRA8蛋白共有34个磷酸化位点;系统进化结果表明:BMI与羊、水牛的相似度最高.STRA8基因mRNA在检测的BMI 15个组织中呈现差异表达现象,睾丸中表达量最高.[结论]结果将为进一步研究STRA8基因在猪精子发生方面的作用及功能提供参考.