皮肤鳞状细胞癌相关差异表达基因及信号通路的生物信息学筛选

• 作者: 乔芳 任秀玲 张江林 李伟
• 来源期刊: 中国医学工程
• 学科: 医学
• 关键词: 皮肤鳞状细胞癌 基因芯片 生物信息学 差异表达基因 信号通路
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 5-10
• 页数: 6页
• 分类号: R739.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.19338/j.issn.1672-2019.2019.12.002

摘要

目的 探讨皮肤鳞状细胞癌组织中的差异表达基因.方法 从基因表达综合数据库(GEO)在线数据库中下载皮肤鳞状细胞癌(cSCC)组织相关的基因表达谱芯片数据集GSE42677和GSE53462,利用Limma包筛选肿瘤组织和正常皮肤组织之间的差异表达基因;利用DAVID工具对差异表达基因进行基因本体论(GO)和功能富集分析;利用STRING数据库分析差异表达基因之间的相互作用,并利用Cytoscape软件构建蛋白质之间相互作用网络,筛选核心基因和模块.结果 两组芯片数据中共同上调表达基因43个,共同下调表达基因65个,这些差异基因主要富集在细胞增殖、皮肤发展、先天免疫反应、Toll样受体、趋化因子、转录调控、氨基酸代谢和p53信号通路;构建了这些基因之间的相互作用网络,获得cSCC相关前20核心基因,分别为CXCL8、CCND1、KIT、PI3、SPP1、PLAU、GATA3、PLA UR、CDKN2A、S100A7、KR T16、CXCL1、DEFB4A、ISG15、KRT2、S100A12、KRT6B、ISG20、OASL和IFI6.结论 cSCC组织与正常皮肤组织之间存在大量的差异表达基因,CXCL8、CCND1、KIT、PI3、SPP1、PLAU、GATA3、PLAUR、CDKN2A和S100A7等基因及其介导的信号通路在cSCC的发生过程中可能起着重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张江林	中南大学湘雅医院/中南大学第一临床学院	38	187	8.0	12.0
2	李伟	中南大学湘雅医院/中南大学第一临床学院	87	364	10.0	15.0
3	乔芳	中南大学湘雅医院/中南大学第一临床学院	9	15	2.0	3.0
4	任秀玲	中南大学湘雅医院/中南大学第一临床学院	3	3	1.0	1.0