银杏SQUAMOSA启动子结合蛋白(SBP)基因家族的鉴定及表达分析

• 作者: 刘艳玲 唐隆平 李萌 杨婷婷 杨果 汪贵斌 王义强 董金金 蒋舜村 郁万文
• 来源期刊: 植物生理学报
• 关键词: 银杏 转录组测序 SBP基因家族 生物信息学 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 993-1003
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13592/j.cnki.ppj.2019.0125

摘要

SBP转录因子在植物生长发育、信号转导、胁迫应答等方面起着重要的调控作用,由SBP基因家族基因编码.为探究银杏SBP基因家族的特征及表达模式,采用高通量测序技术对银杏的叶、花芽和胚珠进行转录组测序,鉴定SBP基因家族成员,并进行基因定位、miRNA 156靶位点预测、进化关系以及表达模式的分析.本研究共鉴定到15个银杏SBP基因家族成员,该基因家族在染色体上分布较分散,编码产物长度差异较大,其中有5个成员具有miRNA156靶位点.蛋白保守基序分析显示,除GbSBP5、GbSBP12、GbSBP14不具有完整的SBP保守结构域外,其余成员编码蛋白均具有SBP保守结构域(包括2个锌指结构和1个核定位信号).聚类分析表明,银杏SBP基因家族成员可以分为8个亚组.表达分析显示,SBP基因家族成员在银杏叶、花芽、胚珠中的表达水平存在一定差异,且在叶和花芽的不同发育时期呈现出不同的表达模式.本研究为银杏SBP基因家族的功能分析奠定了基础,并为银杏分子育种提供了一定的理论依据.