谷子SBP蛋白基因家族的鉴定及表达分析

• 作者: 乔治军 刘思辰 宋健 曹晓宁 王君杰 王海岗 陈凌
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 谷子 SiSBPs 生物信息学分析 表达分析
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1409-1420
• 页数: 12页
• 字数: 7176字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2020.07.1409

摘要

为了深入分析SBP基因家族在谷子中的功能作用,本研究在谷子全基因组水平,通过NCBI blast及HMMER search等生物信息学方法进行了谷子SBP基因家族鉴定,分析了SBP蛋白理化性质及系统发育,利用RT-qPCR分析了谷子SBP基因在PEG和ABA胁迫下的表达情况.结果 表明,谷子SBP基因家族有19个成员,位于9条染色体上,编码的氨基酸序列长度为199～1 118 aa.谷子SBP蛋白系统发育树结果显示,该蛋白家族可分为两大类:第一类分为六个亚类,第二类仅有一个SBP蛋白.谷子SBP蛋白家族成员的外显子数从2～11个不等,且均为亲水性蛋白.亚细胞定位预测结果显示,除SBP7外,所有的SBP蛋白在细胞核中均有信号.谷子SBP蛋白与拟南芥SBP蛋白在进化关系上较远,而与高粱、水稻SBP蛋白进化关系较近.谷子SBP基因家族启动子区域的顺式作用元件主要为植物激素、干旱、光照及病原菌、创伤类的响应元件.RT-qPCR分析结果显示,PEG和ABA胁迫诱导下,SBP基因在叶和茎中的表达均上调,表达量增幅表现为:叶＞茎.PEG胁迫后SBP基因的表达增长量显著高于外源ABA诱导;其中,SiSBP13的表达量增幅最大,PEG胁迫4h叶和茎中的表达量分别达到未胁迫时的180倍和15倍,ABA诱导4h茎中的表达量最高达到未胁迫时的8倍,而叶中的表达量持续升高,24 h时达到未胁迫时的28倍.本研究为下一步深入研究SiSBPs基因在谷子生长发育阶段中的功能奠定了基础,也为谷子功能基因的挖掘利用提供了候选基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	乔治军	山西省农业科学院农作物品种资源研究所	33	291	9.0	16.0
2	陈凌	山西省农业科学院农作物品种资源研究所	13	100	5.0	10.0
3	王君杰	山西省农业科学院农作物品种资源研究所	13	53	4.0	7.0
4	王海岗	山西省农业科学院农作物品种资源研究所	14	73	5.0	8.0
5	曹晓宁	山西省农业科学院农作物品种资源研究所	5	9	1.0	3.0