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一株缺失pMT1质粒鼠疫菌的全基因组序列分析
一株缺失pMT1质粒鼠疫菌的全基因组序列分析
作者:
安森玲
宋志忠
王鹏
石丽媛
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
鼠疫菌
pMT1质粒
整合
同源重组
插入序列
摘要:
目的 通过基因测序及生物信息学分析,确定O-1菌株基因组的一般特征及与参考菌株的差异,确定O-1菌株的pMT1质粒是否整合至染色体以及可能的整合机制.方法 提取O-1鼠疫菌株的全基因组DNA,进行测序组装,获得全基因组序列及圈图;通过与参考菌株比较来描述基因组一般特征;通过序列比对(Blast/Mauve)确定整合位点,再通过引物设计和PCR扩增来验证整合位点.结果 O-1菌株基因组包括一个染色体,两个质粒(70.3Kb,9.6Kb);O-1菌株染色体基因数目与CO92菌株有差异,染色体的插入序列(尤其是IS100和IS1541)较CO92菌株多;O-1菌株质粒与CO92菌株很相似,但O-1菌株无独立存在的pMT1质粒.pMT1质粒序列位于O-1菌株染色体中,从1429315至1526240,序列长度为96926bp;且整合位点被PCR扩增证实;O-1菌株pMT1质粒序列含有5个IS序列;pMT1序列的插入位点处于O-1染色体的非编码区.结论 O-1菌株的pMT1质粒整合至染色体,而且是完整序列整合.O-1菌株染色体特征与CO92有差异,且插入序列较多.IS1541A介导的同源重组可能是pMT1质粒整合至染色体的原因.
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篇名
一株缺失pMT1质粒鼠疫菌的全基因组序列分析
来源期刊
现代预防医学
学科
医学
关键词
鼠疫菌
pMT1质粒
整合
同源重组
插入序列
年,卷(期)
2019,(9)
所属期刊栏目
实验技术及其应用
研究方向
页码范围
1672-1676
页数
5页
分类号
R117
字数
语种
中文
DOI
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鼠疫菌
pMT1质粒
整合
同源重组
插入序列
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
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期刊影响力
现代预防医学
主办单位:
中华预防医学会
四川大学华西公共卫生学院
出版周期:
半月刊
ISSN:
1003-8507
CN:
51-1365/R
开本:
大16开
出版地:
成都市人民南路三段17号
邮发代号:
62-183
创刊时间:
1975
语种:
chi
出版文献量(篇)
28356
总下载数(次)
56
总被引数(次)
161569
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