基于生物信息学探究肾细胞癌发病相关基因及联合指标预后列线图的构建

• 作者: 侯广东 孟平 来东 袁建林
• 来源期刊: 临床泌尿外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 预后列线图 总生存期 蛋白互作 肾细胞癌
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 论著-研究报告
• 页码范围: 125-132
• 页数: 8页
• 分类号: R737.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13201/j.issn.1001-1420.2020.02.009

摘要

目的:基于生物信息学探索肾细胞癌发病相关基因,并联合临床指标构建可预测肾癌患者总生存期(overall survival,OS)联合指标预后列线图,为肾癌临床预后评估提供了有效的新方法.方法:基于基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选差异表达基因并在TCGA数据库中进行验证并进行基于蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络的模块建立.同时于TCGA数据库中利用Cox多因素分析筛选基因及肾癌预后相关性,采用Kaplan-Meier法计算OS,log-rank检验评价不同亚组生存差异的显著性;运用Cox单因素及多因素回归分析确定OS的独立预测因素,使用R软件整合所有具有独立预测意义的变量绘制可以个体化预测3年和5年OS的列线图,并采用Bootstrap法计算ROC曲线下面积(AUC)、绘制校准图对列线图进行内部验证.结果:通过GEO筛选出DEGs380个,在TCGA数据库汇中验证overlapping基因28个,与肾癌OS相关基因为SLC22A8及TNFAIP6(P＜0.05).病理等级≥G3、T3和M1期、SLC22A8基因表达值≥4.50、TNFAIP6基因表达值≥11.20是OS的独立危险因素.预测模型可准确预测患者预后,其预测3、5年OS的AUC分别为0.793和0.740,校准图显示列线图预测的3、5年OS分别与实际3、5年OS具有良好的一致性.结论:本研究通过大数据分析,发现了10个肾癌发病相关基因,并纳入预后评估的模型,建立了一种联合指标肾癌预后预测模型,为临床中肾癌患者的预后评估提供了一种有效的新方法.