基于生物信息学方法探究LINC00862在肝癌中的功能及作用机制

• 作者: 崇雨田 张志伟 揭育胜 曹静 李荣 黄思奇 龚娇
• 来源期刊: 热带医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: LINC00862 肝细胞癌 生物信息学分析 TCGA
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 实验研究论著
• 页码范围: 857-861,869
• 页数: 6页
• 分类号: R735.7
• 语种: 中文

摘要

目的 基于生物信息学方法,研究LINC00862在肝细胞癌(HCC)发生发展中的功能和作用机制.方法 从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载肝细胞癌(HHC)的RNA-seq数据及临床数据,进行生存分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)在肝癌组织和人肝癌细胞株中检测LINC00862的表达水平;通过R软件对LINC00862进行GO生物学功能富集分析;通过circlncRNAnet工具对LINC00862进行KEGG信号通路分析;通过circlncRNAnet工具预测与LINC00862直接结合的microRNA和蛋白,进一步通过Cytoscape软件进行展示.结果 TCGA数据分析提示,LINC00862在肝癌组织中显著高表达,且与HCC患者的预后负相关;其次,qRT-PCR进一步证实LINC00862在HCC组织和人肝癌细胞株中均为高表达;GO分析和KEGG分析提示,LINC00862可能与细胞核分裂、细胞器分裂、细胞有丝分裂等生物学过程相关,可能参与了脂肪酸代谢;cirelncRNAnet分析提示,LINC00862可能通过与hsa-mir-216b-5p或hsa-mir-4711-3p结合或与SRSF蛋白家族相互作用从而发挥功能.结论 生物信息学分析提示,LINC00862可能通过调控肝癌细胞的增殖从而参与HCC的发生发展.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	崇雨田	中山大学附属第三医院感染性疾病科	147	693	12.0	18.0
2	揭育胜	中山大学附属第三医院感染性疾病科	31	143	7.0	11.0
3	李荣	中山大学附属第三医院肝脏病实验室	7	18	3.0	4.0
4	曹静	中山大学附属第三医院感染性疾病科	8	4	1.0	2.0
5	龚娇	中山大学附属第三医院检验科	8	6	1.0	2.0
6	张志伟	中山大学附属第三医院感染性疾病科	4	6	2.0	2.0
7	黄思奇	中山大学附属第三医院感染性疾病科	1	0	0.0	0.0