牛樟芝菌丝体全长cDNA文库构建及EST序列分析

• 作者: 刘朋虎 刘艳玲 夏舒宁 李晶 林占熺 陈莉
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 牛樟芝 cDNA文库 表达序列标签 GO功能注释 SSR
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 1052-1059
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 字数: 4998字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2020.04.032

摘要

目的 为了更好地挖掘牛樟芝Antrodia cinnamomea菌丝体三萜合成和代谢相关基因、筛选互作蛋白和牛樟芝指纹图谱分析,构建了牛樟芝菌丝体cDNA文库并分析其表达序列标签(EST)序列.方法 以牛樟芝菌丝体为材料,采用Gateway 法构建其cDNA文库,对部分EST序列进行生物信息学分析、功能注释和EST-SSR分析.结果 成功构建了牛樟芝菌丝体cDNA文库,经鉴定文库重组率高达95％,文库滴度为6.1×106 c fu/mL,总克隆数为1.2×107 cfu,插入片段大小为300～2 000 bp,平均长度达1 000 bp.随机挑选单克隆进行测序获得65个有效EST序列,其中1个重叠群,64个单一序列,比对结果显示有45条序列有明确功能注释,18条为未知功能基因,GO功能注释结果表明序列涉及细胞组成、转运、催化活性、调控等功能.所有EST序列共含有271个SSR,牛樟芝核苷酸重复类型丰富,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元占总重复基元的94.23％.结论 初步明确牛樟芝菌丝体cDNA文库及其EST序列相关生物信息,为牛樟芝菌丝体基因组学研究奠定理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林占熺	福建农林大学国家菌草工程技术研究中心	70	429	10.0	18.0
2	刘朋虎	福建农林大学国家菌草工程技术研究中心	56	275	9.0	14.0
3	李晶	福建农林大学国家菌草工程技术研究中心	15	96	4.0	9.0
4	刘艳玲	福建农林大学国家菌草工程技术研究中心	3	6	1.0	2.0
5	陈莉	福建农林大学生命科学学院	5	4	1.0	2.0
6	夏舒宁	福建农林大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0