BVDV JZ05-1分离株基因组非编码区结构特征及编码区突变规律分析

• 作者: 李庆超 刘艳环 李海涛 朱言柱 肖家美 赵艳 苗利光
• 来源期刊: 特产研究
• 学科: 农学
• 关键词: BVDV 基因组序列 二级结构 毒力标记
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 10-15,20
• 页数: 7页
• 分类号: S852.65+3
• 语种: 中文
• DOI: 10.16720/j.cnki.tcyj.2020.06.003

摘要

牛病毒性腹泻病是危害养牛业的主要疾病之一.为了探讨牛病毒性腹泻病毒非编码区结构特征以及编码区突变规律.本文对病毒性腹泻JZ05-1毒株基因组序列进行5'、3'-UTR二级结构预测、毒力标记、结构蛋白编码区突变和RdRp同源建模等分析.研究发现JZ05-1毒株的5'-UTR在Ⅲa区与其他毒株结构具有明显差异,在150 nt左右区域形成1个独特的颈环结构,3'-UTR可分为3个独立的结构区域,其他参考毒株不具备此特征;结构蛋白编码区分析,JZ05-1毒株具有大量的独特碱基,特有碱基位点有201处;非结构蛋白区域分析,差异氨基酸主要存在于RdRp蛋白表面可及性好的区域,且多位于疏水区,蛋白内部活性中心区域的氨基酸位点极少突变;毒力标记分析,278位做为毒力标记的规律不适用于JZ05-1毒株.结果表明,JZ05-1毒株与其他同型毒株有明显差异.本研究可为疫苗的研制提供理论基础.