子宫内膜癌相关基因的生物信息学分析

• 作者: 张键 赵娜 赵车冬 陈葳 陶丹
• 来源期刊: 遵义医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 子宫内膜癌 差异表达基因 关键基因 生物信息分析
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 临床医学研究
• 页码范围: 482-488
• 页数: 7页
• 分类号: R737.33
• 语种: 中文

摘要

目的 利用公共平台的子宫内膜癌芯片数据筛选子宫内膜癌相关基因.方法 下载GEO数据库的子宫内膜癌数据集GSE17025和GSE39099,筛选差异表达基因,利用DAVID软件对差异表达基因进行GO和KEGG信号通路富集分析.利用STRING在线工具对差异表达编码蛋白进行蛋白-蛋白相互作用网络分析,并采用Cytoscape进行可视化以及核心模块和关键基因的挖掘.结果 初步筛选出子宫内膜癌相关上调基因101个,下调基因128个.上调基因主要位于胞核,富集于细胞增殖、蛋白质结合、细胞周期信号通路,下调基因主要位于胞外区域,富集于药物反应、金属离子结合、cAMP信号通路.成功构建差异表达基因编码蛋白的相互作用网络,利用MCODE算法筛选了两个核心模块,其中关键基因为DEPDC1和CXCL8.通过TCGA数据库的数据证实,两个关键基因均在子宫内膜癌中表达升高(P＜0.05),且对患者的生存率有显著影响(P＜0.05).结论 利用公共数据平台的子宫内膜癌多组芯片数据,筛选出两个关键基因DEPDC1和CXCL8,可能在子宫内膜癌中发挥着重要作用,为子宫内膜癌新的诊断标志物和治疗靶点筛选提供新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈葳	西安交通大学第一附属医院	135	538	11.0	15.0
2	赵娜	西安交通大学第一附属医院	27	198	8.0	14.0
3	赵车冬	西安交通大学第一附属医院	4	14	1.0	3.0
4	张键	西安交通大学第一附属医院	31	48	4.0	6.0
5	陶丹	西安交通大学第一附属医院	7	33	3.0	5.0