龙眼HDAC家族成员的全基因组鉴定及表达分析

• 作者: 刘蒲东 张舒婷 李晓斐 林玉玲 申序 蒋梦琦 赖钟雄 陈晓慧 陈裕坤
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 龙眼 去乙酰化酶基因 生物信息学分析 全基因组鉴定 实时荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 793-807
• 页数: 15页
• 分类号: S667.2
• 字数: 9165字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20190574

摘要

[目的]研究龙眼HDC家族的进化特性及其在体胚发生过程及不同激素处理下的表达模式.[方法]对龙眼HDAC (DlHDAC)家族成员进行全基因组鉴定及生物信息学分析,结合转录组数据分析DlHDAC家族在龙眼非胚性及胚性培养物及不同组织器官中的表达情况,采用qRT-PCR检测龙眼体胚发生过程及不同激素处理下DlHDAC家族的表达模式.[结果]DlHDAC家族可分为RPD3/HDA1、HD2和SIR2亚家族,均为亲水性蛋白质,亚细胞定位显示主要分布于细胞核中.RPD3/HDA1亚家族含有HDAC结构域,HD2亚家族含有C2H2型锌指和Nucleoplasmin结构域,SIR2亚家族含有SIR2结构域.RPD3/HDAl和SIR2亚家族蛋白结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,HD2亚家族以无规则卷曲为主.DlHDAC启动子序列中包含众多光响应、激素应答、胁迫响应及与植物生长相关作用元件;转录组数据显示DlHDAC家族大部分成员在ICpEC和GE阶段高表达;且在龙眼果实,种子及根中高表达.qPCR分析显示,DlHDA6、DlSRT1-1、DlHDT1和DlHDT3在GE阶段上调表达;在脱落酸(ABA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、赤霉素(GA3)和水杨酸(SA)处理下DlHDA8、DlHDA9、lSRT1-1、DlSRT2、DlHDT1和DlHDT3均被不同程度地诱导表达.[结论]DlHDAC在进化过程中保守性与特异性并存,可能参与龙眼果实、种子及根的生长发育过程,并通过响应ABA、SA和GA3的表达来调控龙眼体胚发生.