甘薯近缘种Ipomoea cordatotriloba基因组大小测定及高通量调查测序

• 作者: 张安 戴习彬 曹清河 王珧 邓逸桐 陈艳丽
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘薯 Ipomoea cordatotriloba 基因组大小 流式细胞法 K-mer计算
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1154-1159
• 页数: 6页
• 分类号: S531|Q75
• 字数: 3665字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2020.06.012

摘要

利用流式细胞术,以大豆Williams 82为内参,对甘薯近缘野生种Ipomoea cordatotriloba进行基因组大小测定,结合染色体压片技术进行倍性鉴定,并利用二代高通量测序技术对测定结果进行验证.结果表明:利用流式细胞术测得I.cordatotriloba基因组大小为(539.69±13.76)Mb;染色体压片结果显示其染色体数目为30条,由于其基数x=15,从而获知I.cordatotriloba为二倍体;经K-mer计算并修正后得出的C值为560.70 Mb,与流式细胞分析结果相近;同时,测序结果显示其基因组杂合率为0.40％;重复序列比率为57.93％;GC含量为38.10％.以上结果为此物种全基因组精细图谱绘制打下基础,同时为甘薯近缘野生种的利用提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈艳丽	海南大学园艺学院	35	122	6.0	8.0
2	王珧	海南大学园艺学院	9	10	2.0	3.0
4	曹清河		7	284	3.0	7.0
5	戴习彬		4	2	1.0	1.0
6	张安		2	0	0.0	0.0
9	邓逸桐		1	0	0.0	0.0