甘薯近缘野生种Ipomoea Littoralis全基因组Survey分析

• 作者: 曹清河 朱国鹏 王珧 陈艳丽 霍恺森
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘薯 基因组调查 Ipomoealittoralis 种质资源
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 热带植物基因组学与基因编辑专题
• 页码范围: 2001-2005
• 页数: 5页
• 分类号: S531
• 字数: 3165字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2019.10.012

摘要

Ipomoea littoralis是甘薯的近缘野生种之一,对其全基因组的研究可为甘薯种质资源的创新提供参考,同时为全基因组精细图谱的绘制打下基础.本研究通过二代高通量测序技术(Illumina Hiseq 2500),测序深度约为60?,经过滤后得到22.45 G数据,结合生物信息学手段估算基因组大小、杂合率、重复序列和GC含量等基因组特征.预估基因组大小经修正后为676.27 Mb.K-mer分析结果得出I.littoralis基因组中重复序列所占比率为60.98％,杂合率为0.81％;初步组装结果,contigs N50为0.684 kb,总读长为0.538 Gb,scaffolds N50为12.09 kb,总读长为0.602 Gb;GC平均深度及含量分布出现分层现象.本研究首次报道I.littoralis的基因组特征信息,为进一步全基因组深度测序提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱国鹏	海南大学园艺学院	48	206	8.0	12.0
2	陈艳丽	海南大学园艺学院	35	122	6.0	8.0
3	王珧	海南大学园艺学院	9	10	2.0	3.0
4	霍恺森	海南大学园艺学院	4	8	2.0	2.0
6	曹清河		2	3	1.0	1.0