生物信息学分析筛选胆管癌新候选基因及其意义

• 作者: 张玲 邹多武
• 来源期刊: 中国医学前沿杂志（电子版）
• 关键词: 胆管癌 生物信息学分析 竞争性内源RNA 长链非编码RNA
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 123-128
• 页数: 6页
• 字数: 3138字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12037/YXQY.2020.07-25

摘要

目的 应用综合生物信息学分析、筛选胆管癌新候选基因,并探讨其在预测患者预后方面的价值.方法 从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载数据,通过与癌旁组织进行比较,筛选出差异表达基因,并通过生物信息学方法对其进行深入分析.结果 共筛选出差异表达的信使RNA(messenger RNA,mRNA)3538个、长链非编码RNA(long nonco-ding RNA,lncRNA)1434个和微RNA(microRNA,miRNA)68个.建立一个包含127个lncRNA、15个miRNA和64个mRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络.生存分析发现,COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因对胆管癌预后具有预测价值,上述基因低表达患者的生存率均显著高于高表达患者.结论 COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因可作为评估胆管癌预后的标志物,可为胆管癌的治疗提供新的潜在靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张玲	上海交通大学医学院附属瑞金医院消化内科	50	153	7.0	11.0
2	邹多武	上海交通大学医学院附属瑞金医院消化内科	10	6	2.0	2.0