基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析

• 作者: 周康奇 徐俊龙 文露婷 杜雪松 林勇 潘志忠 潘贤辉 覃俊奇 邓潜 陈忠 黄姻
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 奥利亚罗非鱼 转录组 多态性 SSR位点信息 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医
• 页码范围: 147-152
• 页数: 6页
• 分类号: S917.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.11.019

摘要

为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记.结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71％.奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序.其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多(5779个),占总位点数的53.14％;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高(3954个,占36.36％).此外,SSR位点以6次重复次数为主(3048个),占总位点数的27.77％;SSR位点序列长度分布于12～254 bp,其中具有高度多态性位点3480个(占比29.14％),中等多态性位点8462个(占比70.86％).

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周康奇		1	0	0.0	0.0
2	潘贤辉		1	0	0.0	0.0
3	黄姻		1	0	0.0	0.0
4	覃俊奇		1	0	0.0	0.0
5	徐俊龙		1	0	0.0	0.0
6	杜雪松		1	0	0.0	0.0
7	文露婷		1	0	0.0	0.0
8	陈忠		1	0	0.0	0.0
9	潘志忠		1	0	0.0	0.0
10	邓潜		1	0	0.0	0.0
11	林勇		1	0	0.0	0.0