基于RNA-Seq的杜仲转录组微卫星特征分析

• 作者: 傅建敏 冯延芝 李芳东 王璐 莫文娟 魏琦琦 黄地歌
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 杜仲 转录组 转录组测序 单基因簇 SSR
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 页码范围: 68-79
• 分类号: S949.751
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2016.09.08

摘要

对杜仲(Eucommia ulmnoides)国审良种‘华仲6号’和‘华仲10号’花后70和160 d的种仁共4个样本进行转录组测序,对测序数据进行组装和功能注释分类,并对转录组获得的单基因簇(unigene)进行微卫星特征分析.利用新一代高通量测序技术Illumina HiSeqTM 2000对杜仲样品进行转录组测序,采用软件Trinity进行组装;利用BLAST软件将unigene序列分别与Nr、GO、COG和KEGG等数据库比对分析;利用MISA软件对转录组的96 469条unigenes进行SSR搜索.结果表明:转录组测序分析,共得到72 791 399个高质量的序列读取片段(Clean reads),包含了14 702 548 161个的碱基序列(bp)信息.对reads进行序列组装,共获得96 469个平均长度为690 bp的unigene,序列信息量达到了66.56 Mb.同源性分析结果显示,有49 856个与其它物种同源的unigenes得到注释,占All-unigene的51.68％.将杜仲转录组中的unigene与GO数据库进行比对分析,根据其功能可将注释到的38 983条unigene分成3大类(细胞组分、分子功能和生物学过程)56个分支;根据COG功能可将注释的14 796条unigene基因划分成25个类别;KEGG数据库作为参照,可将注释到的11 260条unigene定位到117个代谢途径分支;SSR位点搜索结果显示,96 469条unigenes中共包含9 621个完整型SSR位点,占总SSR位点的84.14％.完整型SSR位点共包含55种重复基元,其中出现频率最高的重复基序类型为单核苷酸重复中的A/T(4 597个),其次是AG/CT(2 597个)、AT/AT(439个).