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基于菜心(Brassica campestris)基因组Survey测序开发多态性SSR标记
基于菜心(Brassica campestris)基因组Survey测序开发多态性SSR标记
作者:
卢宇鹏
夏岩石
张华
张润霖
李荣华
郭培国
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
菜心(Brassica campestris)
Survey测序
SSR标记
多态性
摘要:
为解决菜心SSR标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题,本研究利用高通量测序技术,对‘四九-19’和‘3T6’两份菜心材料进行基因组Survey测序,规模化开发多态性SSR标记.两个菜心材料分别获得55 649 657个和59 300 433个Clean reads,分开拼接组装得到430 483个和499 876个Contig.在两个材料的Contig中搜索到共有的SSR位点为30 696个,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的67%.分析比较发现,3 652个(12%) SSR位点在两份测序材料间具有潜在多态性,随机挑选50个SSR位点进行PCR扩增验证,48对(96%)引物在4份菜心材料中扩增出清晰的条带,其中31对(62%)引物在两份测序样品间具有多态性,19对(38%)引物在另两份菜心材料间具有多态性.结果 表明,利用基因组Survey测序能开发SSR标记和开发具有多态性的SSR标记,本研究开发的多态SSR标记将进一步为菜心分子标记的发展和应用提供基础.
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篇名
基于菜心(Brassica campestris)基因组Survey测序开发多态性SSR标记
来源期刊
分子植物育种
学科
关键词
菜心(Brassica campestris)
Survey测序
SSR标记
多态性
年,卷(期)
2020,(6)
所属期刊栏目
标记辅助育种
研究方向
页码范围
1901-1908
页数
8页
分类号
字数
语种
中文
DOI
10.13271/j.mpb.018.001901
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SSR标记
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研究分支
研究去脉
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期刊影响力
分子植物育种
主办单位:
海南省生物工程协会
出版周期:
半月刊
ISSN:
1672-416X
CN:
46-1068/S
开本:
大16开
出版地:
海南省海口市海秀大道128号双岛公寓13B室
邮发代号:
84-23
创刊时间:
2003
语种:
chi
出版文献量(篇)
7272
总下载数(次)
34
总被引数(次)
42737
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