龙眼SPL基因家族全基因组鉴定及表达分析

• 作者: 吕煜梦 宋雨洋 张舒婷 朱永静 李晓斐 林玉玲 赖钟雄 路保顺
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 龙眼 SPL 全基因组鉴定 表达分析
• 年，卷（期）: 2020,（20）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 4259-4270
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.20.014

摘要

[目的]鉴定龙眼SPL(D1SPL)基因家族所有成员,并对其成员进行表达分析,为探究SPL在龙眼生长发育中的功能研究提供参考.[方法]采用生物信息学方法对龙眼SPL基因家族成员进行鉴定,并对其基本理化性质、基因结构、系统进化关系、启动子顺式作用元件、FPKM值进行分析;利用qRT-PCR技术检测其在非胚性愈伤组织(nonembryonic callus,NEC)、胚性培养物及不同激素处理下的胚性愈伤组织(embryonic callus,EC)中的表达情况.[结果]D1SPL基因家族共有14个成员,其基因结构和蛋白结构均高度保守且只有一个SBP结构域,D1SPL启动子存在大量的光反应元件、组织特异性调控元件、激素应答元件、胁迫响应元件和植物生长发育有关的顺式调控元件.RNA-seq表达量分析(FPKM值)表明,11个D1SPL成员在不同光质处理的EC中表达,只有D1SPL8在蓝光和白光处理下的EC中呈下调表达趋势;11个D1SPL成员在激素2,4-D和KT中表达,其中D1SPL3和D1SPL13在2,4-D和激动素(kinetin,KT)共同处理下的表达量高于2,4-D和KT分开处理;有13个D1SPL成员在非胚性及胚性培养物中表达,其中7个成员在NEC阶段表达量最高.qRT-PCR结果表明,在不同胚性培养物中,D1SPL1和D1SPL14在EC阶段表达最高,D1SPL5、D1SPL7和D1SPL13在不完全胚性紧实结构(incomplete embryonic compact structure,ICpEC)阶段表达量最高;D1SPL1、D1SPL5、D1SPL7和D1SPL13成员响应脱落酸(abscisic acid,ABA)信号并显著下调;D1SPL5响应茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)信号且呈上调表达趋势,其他3个成员呈下调表达趋势.[结论]共鉴定出龙眼SPL基因家族成员14个,均含有一个高度保守的SBP结构域;D1SPL可能参与龙眼体胚的形态建成,并响应ABA和MeJA的应答.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖钟雄		473	4127	31.0	41.0
2	林玉玲		148	560	10.0	16.0
3	路保顺		1	0	0.0	0.0
4	朱永静		1	0	0.0	0.0
5	张舒婷		11	2	1.0	1.0
6	吕煜梦		3	0	0.0	0.0
7	李晓斐		2	0	0.0	0.0
8	宋雨洋		1	0	0.0	0.0