基于生物信息学筛选胰腺导管腺癌关键基因

• 作者: 刘万超 朱良啸 杨振华 王文惠
• 来源期刊: 现代肿瘤医学
• 学科: 医学
• 关键词: 胰腺导管腺癌 生物信息学 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2020,（22）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 3862-3867
• 页数: 6页
• 分类号: R735.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-4992.2020.22.007

摘要

目的:利用生物信息学方法分析胰腺导管腺癌(PDAC)基因表达谱芯片并筛选关键基因.方法:从公共数据库基因表达数据库(GEO)中下载PDAC基因表达谱芯片GSE28735、GSE15471、GSE101448,共纳入108例PDAC样本和97例癌旁组织样本.应用R语言limma包和impute包筛选差异表达基因.利用DAVID数据库和在线分析工具Kobas分别对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析.利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络并进一步筛选关键基因.结果:3个基因表达谱芯片共有161个差异表达基因(|log2fold-change(FC)|＞2,P＜0.05),包括54个上调基因,107个下调基因.GO功能富集分析显示差异基因与 extracellular exosome、extracellular space、extracellular matrix organization 密切相关.KEGG通路分析显示差异基因主要富集在protein digestion and absorption、ECM-receptor interaction和focal ad-hesion等通路.蛋白质相互作用网络图中显示节点最多的10个枢纽基因分别是ALB、COL11A1、COL3A1、FN1、EGF、COL1A1、MMP9、COL5A2、ITGA2、COL6A3.结论:筛选所得的10个关键基因可能在PDAC发生发展中发挥重要作用,有望成为PDAC诊断及治疗的生物学靶标,为进一步研究PDAC发生发展的分子机制提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨振华		39	108	6.0	8.0
2	王文惠		23	49	4.0	5.0
3	刘万超		11	20	4.0	4.0
4	朱良啸		1	0	0.0	0.0