芝麻GRF基因家族全基因组鉴定分析

• 作者: 刘坤 齐静 刘梦兰 王德伟 刘妙杨
• 来源期刊: 分子植物育种
• 关键词: 芝麻(Sesamum indicum) GRF基因家族 全基因组分析 分子育种
• 年，卷（期）: 2020,（22）
• 所属期刊栏目: 基因组学及功能基因|Genomics & Functional Gene
• 页码范围: 7323-7333
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13271/j.mpb.018.007323

摘要

GRF(Growth regulating tactor)是植物特有的转录因子家族,前期研究表明它们参与植物生长发育及抗逆胁迫过程的调控,与作物农艺性状密切相关.但有关基因组水平上的芝麻GRF基因家族研究未曾有报道.本研究利用生物信息学方法,在芝麻基因组中共鉴定出11条GRF基因家族成员,并更正了其中对SIN 1007585和SIN 1005885两条基因注释的错误.预测了其蛋白的分子量、等电点、亲水性总平均值等基本特征信息.发现每一条GRF家族基因只含有2或3个内含子,其转录产物mRNA都含有MicroRNA396a反向互补序列,表明小RNA是控制GRF功能的重要上游成分.进一步分析发现11条基因不均匀地分布于9条染色体上,无串联重复,基因组内有3对6个基因具有共线关系,共线基因数超过家族基因组数的50％,表现出全基因组复制的特征.还发现预期蛋白结构比较保守,与拟南芥GRF家族蛋白相似,其N端都含有1个QLQ和1个WRC结构域,C端具有多个保守基序,表明它们具有同样的功能和调控机制.再者,系统发育树分析显示GRF基因家族可以分为G1、G2、G3、G4和G5等5组,且芝麻和拟南芥的亲缘关系比水稻更近.种子发育期间所有基因表达,多数基因表达水平较高,成熟组织表达水平低或不表达,说明该家族基因在植物生长发育中扮演重要角色.在干旱和水涝等逆境胁迫下,部分基因转录本含量有明显变化,说明该家族基因在应对逆境胁迫中具有一定功能.本研究表明GRF基因是芝麻分子育种优良的基因资源,并为进一步理论研究和育种实践提供了依据.