基于生物信息学分析的圆锥角膜相关Hub基因及其通路的鉴定

• 作者: 朱叶 谭秋凡 巩倩文 胡晓建 陈世豪
• 来源期刊: 温州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 差异表达基因 生物信息学分析 圆锥角膜 蛋白质-蛋白质相互作用网络 ClueGO
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 111-117
• 页数: 7页
• 分类号: R77
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-9400.2021.02.005

摘要

目的:明确圆锥角膜(KC)潜在的目标基因并探讨其潜在的病理机制.方法:从GEO数据库中下载GSE77938的基因芯片数据并进行生物信息学分析.GSE77938数据集包含50个样本,包括25例KC患者和25例正常对照者.采用Cytoscape软件进行GO和KEGG富集分析,并通过Cytoscape软件构建差异表达基因(DEGs)的蛋白相互作用(PPI)网络.结果:在KC中共鉴定出1547个DEGs,包括1103个上调基因和444个下调基因.GO分析结果显示,上调的DEGs在生物过程(BP)中的1220条通路中显著富集、细胞成分(CC)的黑素体的102条通路和分子功能(MF)的102条通路中显著富集.下调DEGs的富集功能在BP、CC和MF中分别为99、64和47个通路.KEGG通路分析显示上调的DEGs富集于72条通路,而下调的DEGs富集于8条通路.从PPI网络中鉴定出Hub基因TNF、JuN、IFNG、PTPRC、ICAM1、FOS、IL6、CXCL8、LCK、CSF2、MMP9、ITGAX、CD40LG和IL10,ClueGO分析发现这些基因涉及GO术语中的6条显著通路和KEGG中的3条通路.结论:所鉴定的DEGs和枢纽基因促进了对KC发生的分子机制的理解,其可能作为KC治疗的分子靶点和诊断性生物标志物.