基于生物信息学的肝癌HBV DNA整合特征研究

• 作者: 奚小荔 杨碧兰 董俊超 吴斌 杨逸冬
• 来源期刊: 中华消化病与影像杂志（电子版）
• 关键词: 肝癌 乙型肝炎病毒 DNA 整合
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 临床研究|Clinical Science Researches
• 页码范围: 152-157
• 页数: 6页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3877/cma.j.issn.2095-2015.2021.04.003

摘要

目的 探讨肝癌HBV DNA整合特征.方法 结合既往研究中肝癌患者肝癌组织和癌旁组织测序结果,总结其HBV DNA整合位点,通过生物信息学方法分析肝癌组织、癌旁组织中HBV DNA整合位点在染色体水平、重复序列水平、基因水平的分布.利用Bedtools软件计算整合位点与转录活性位点的距离,以探讨整合与转录活性的关系,并比较该特征在肝癌组织、癌旁组织及热点基因组、非热点基因组中的差异.结果 肝癌组织、癌旁组织中均有HBV DNA整合,其整合位点在染色体水平、重复序列水平和基因水平分布上均存在优势整合.肝癌组织和癌旁组织中分别有8.5％和9.0％的HBV DNA整合位点位于转录活性区域,而随机序列中仅有3.4％.依据泊松分布,在肝癌组织HBV DNA整合基因中鉴定出热点基因.肝癌组织中,热点基因组相较于非热点基因组,更多的HBV DNA整合于高转录活性区域(16.5％vs 3.0％,P<0.001).结论 HBV DNA在肝癌组织、癌旁组织中的整合特征不完全相同,但是在肝癌组织、癌旁组织中HBV DNA均倾向于整合至高转录活性区域.