枇杷全基因组SSR标记开发及其多态性研究

• 作者: 蒋爽 张学英 安海山 徐芳杰 章加应
• 来源期刊: 园艺学报
• 关键词: 枇杷 SSR标记 全基因组 多态性 重测序
• 年，卷（期）: 2021,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告|Research Notes
• 页码范围: 1013-1022
• 页数: 10页
• 分类号: S667.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2020-0497

摘要

搜索枇杷全基因组范围内的SSR位点,分析其分布特点,同时使用10个枇杷品种的重测序数据对这些位点的基因型进行分析.结果 显示共获得103509个SSR位点,二核苷酸重复类型有73604个,占71.1％,以AT/TA为主.三核苷酸重复类型占15.0％,以AAG/CTT为主.对10个枇杷样本进行重测序,分别获得32 ～ 206 Mb的reads,测序深度为12.9× ～ 81.3×.本研究中新开发2个脚本程序(Flank和SSRtype),对重测序数据Reads中包含的SSR位点长度进行了分析,确定基因型.'早钟6号'的测序深度达到12.9×,能够覆盖80％的SSR位点,说明12×以上的测序深度能够满足SSR位点的分析.枇杷中大量SSR位点为多拷贝(占78.4％),为单个品种单个位点产生3条以上的条带,而在所有品种中呈现两拷贝的SSR位点有12962个(占12.5％),这些位点产生的多态性条带分别为2～10条不等,多态性信息含量的中位数为0.269,大于0.5的位点有526个.从中挑选20对引物进行荧光PCR,结果显示这些引物的多态性与重测序分析结果一致.