美国红枫转录组SSR序列分析

• 作者: 郭聪 陈燕 王莹 谈峰 柯裴蓓 沙文锋 李玉娟
• 来源期刊: 中南林业科技大学学报
• 关键词: 美国红枫 SSR 转录组 序列分析
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 生物学
• 页码范围: 132-141
• 页数: 10页
• 分类号: S718.43
• 语种: 中文
• DOI: 10.14067/j.cnki.1673-923x.2021.07.016

摘要

[目的]旨在全面了解叶色多彩明亮、抗逆性强的美国红枫SSR位点信息及序列特征,为开发新的功能基因相关且多态性良好的SSR标记提供依据.[方法]以美国红枫不同叶色的叶片为试验材料,经转录组测序后,利用MISA软件对美国红枫1 kb以上的Unigene进行SSR位点搜索;通过Excel软件进行SSR分布和序列特征分析并用Prime 3软件设计引物.[结果]从美国红枫转录组测序数据中共获得Unigene 78571条,其中长度≥1 kb的Unigene共23278条.对长度≥1 kb的Unigene进行SSR位点搜索和分析,共获得12974个SSR位点,出现频率为55.75％,平均约3.7 kb出现1个SSR位点;美国红枫转录组SSR重复碱基类型共有7种,其中单碱基为主要重复类型,占总SSR的54.12％,其次为双碱基和三碱基重复类型,分别占总SSR的20.64％和16.19％,其他的碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.05％.A/T、AT/TA与GAA/TTC分别为单碱基到三碱基的优势重复基元,分别占总SSR的53.95％、8.00％与1.65％,而四碱基的重复基元均较低,在0.05％以下;单碱基到六碱基各基元重复次数集中在5～22次之间,序列长度变化在10～48 bp之间,平均长度为18.43 bp;筛选出10751个SSR符合引物设计要求,共设计出32253对引物,占总SSR的82.87％.[结论]根据转录组测序结果,美国红枫转录组中SSR位点分布频率高,基序类型丰富,具有较高的多态性,在美国红枫遗传多样性和分子标记辅助育种中具有较大的应用潜力.