薏苡转录组测序及基因功能注释

• 作者: 欧阳雨晴 李玲玲 石好宇 赵艺 朱甫臻 尹艳燕 王灵芝
• 来源期刊: 中南药学
• 关键词: 薏苡 转录组测序 谷蛋白 三酰甘油 功能注释
• 年，卷（期）: 2021,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1286-1293
• 页数: 8页
• 分类号: S519|R972+.4|Q75
• 语种: 中文
• DOI: 10.7539/j.issn.1672-2981.2021.07.004

摘要

目的 构建薏苡转录组数据库,为薏苡的功能基因挖掘、分子标记开发和遗传育种提供序列信息.方法 取薏苡不同发育时期的各组织部位提取RNA,利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台进行测序,利用功能数据库进行基因功能注释和生物信息学分析.结果 共获得65.57 Mb Clean reads,通过质量控制和De novo组装,获得76164个unigene,平均长度为1023 bp.与非冗余核酸序列数据库(NT)、非冗余蛋白数据库(NR)、蛋白质直系同源簇数据库(COG)、京都基因组百科全书(KEGG)、SwissProt、基因本体论数据库(GO)和InterPro等数据库进行比对,共有59460个unigene获得注释.其中,49092个unigene被注释到NR数据库中,有51.73％与高粱具有同源性;27407个unigene被注释到GO数据库,根据GO功能分为三大类,56个功能分支;20670个unigene在COG数据库中得到注释,根据功能的不同分为25类;30941个unigene被注释到KEGG数据库,分属于126条代谢途径,其中与三酰甘油生物合成相关的unigene有257个.本研究共获得的51160个编码蛋白框(CDS)序列中有9个与谷蛋白相关;共检测到3324个简单重复序列(SSR),分布于11101个unigene;获得了22764个单核苷酸多态性(SNP)位点.结论 本研究所获薏苡转录组测序的各项数据,可用于后续薏苡种植资源评价和遗传育种,进一步提高薏苡药用价值.