胆道闭锁差异基因及微小RNA-信使RNA调控网络的生物信息学分析

• 作者: 张创 任威瑞 李索林
• 来源期刊: 中华实用儿科临床杂志
• 关键词: 胆道闭锁 生物信息学 差异表达基因 微小RNA 调控网络
• 年，卷（期）: 2021,（18）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1421-1425
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn101070-20200321-00472

摘要

目的:基于生物信息学方法挖掘胆道闭锁(BA)差异表达基因(DEGs)并初步构建微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络，探索其在BA中的分子调控机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载数据集GSE46960，利用GEO2R在线工具分析BA和正常肝组织之间的DEGs，利用注释、可视化和富集发现数据库(DAVID6.8)对DEGs进行富集和功能注释。基于蛋白质互作数据库(STRING11.0)和Cytoscape_v3.7.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络，分析其关键基因。通过人类miRNA疾病数据库(HMDD_V3.2)查询与BA相关且经过验证的miRNA，并利用miRNA目标预测数据库(miRDB)预测其靶基因。将预测的靶基因和GSE46960中的差异表达基因求得交集，获得miRNA、mRNA相互作用关系。利用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络图。结果:从GSE46960数据集中共获得565个DEGs，其中352个为上调基因，213个为下调基因。其中上调的DEGs显著富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑激酶、阿米巴病通路、磷酸酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路中，下调的DEGs显著富集于新陈代谢、抗生素的生物合成、视黄醇代谢通路中。根据PPI网络，筛选出10个关键基因。在DEGs基础上成功构建了BA miRNA-mRNA分子调控网络。结论:通过生物信息学筛选出的DEGs及构建的miRNA-mRNA调控网络有助于全面了解BA发生的分子机制，为探索联合miRNA及DEGs作为临床诊断及治疗的分子靶点提供了新方向。