基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图制作方法

• 作者: 丁可 阎星羽 廉振颖 成丽娟 刁玉涛 王家林
• 来源期刊: 医学信息
• 关键词: 16S rRNA基因 QIIME系统 R语言"ggtree"包 系统发生树 操作流程
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 论著|Treatise
• 页码范围: 67-74
• 页数: 8页
• 分类号: Q752
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-1959.2021.01.019

摘要

目的 通过QIIME系统和R语言的"ggtree"包绘制基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图,并构建系统发生树图操作流程.方法 通过QIIME将16S rRNA基因测序数据转化为OTUs表,对OTUs表数据进行筛选和转换,用相关命令生成Newick格式的系统发生树文件,以此文件为输入,用R语言"ggtree"包的相关函数和代码绘制不同类型的系统发生树图.结果 成功开发了绘制系统发生树图的工作流程,使用该流程对公开发表的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据进行处理,生成了包含物种丰度和分类信息的OTUs表,以该表为输入数据,绘制了物种相对丰度累积条图和多种形式的系统发生树图.结论 使用本流程绘制的图形更准确和美观,最大的优点是能通过各种附加信息对树形图进行多方面的注释,还可以针对系统发生与微生物丰度联合作图.