Windows下16SrRNA基因扩增子测序数据分析的简易流程

• 作者: 向沙沙 张国庆 张璐 方梅梅 李余动 王明月 王禹煊 郑和龙
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 16SrRNA 微生物组 Linux QIIME VSEARCH
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 239-245
• 页数: 7页
• 分类号: Q752
• 字数: 5241字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201804007

摘要

微生物组数据分析需要掌握Linux系统操作,这对缺乏计算机知识的生物研究人员是一个很大的障碍.为此我们设计了一套在Windows的Linux子系统(WSL)下分析16S rRNA基因扩增子高通量测序数据的简易流程.本流程整合常用的开源软件VSEARCH与QIIME等,能对16S rRNA测序数据进行质量控制、OTU聚类、多样性分析及结果可视化呈现.以唾液微生物组分析为例,详细介绍从原始数据到多样性统计分析过程的参数和命令,及结果解读.教学实践证明,此流程易于学习,并有助于掌握微生物组的基本概念与方法.利用Windows系统最新的WSL功能,本流程方便Windows用户使用大量在Linux上运行的生物信息工具,有助于促进微生物组研究的发展.流程的安装程序与测序数据可从网址(http://www.ligene.cn/win16s/)免费下载使用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张璐	浙江工商大学食品与生物工程学院	3	1	1.0	1.0
2	张国庆	浙江工商大学食品与生物工程学院	2	2	1.0	1.0
3	王明月	浙江工商大学食品与生物工程学院	4	3	1.0	1.0
4	向沙沙	浙江工商大学食品与生物工程学院	2	1	1.0	1.0
5	方梅梅	浙江工商大学食品与生物工程学院	1	1	1.0	1.0
6	王禹煊	浙江工商大学食品与生物工程学院	1	1	1.0	1.0
7	郑和龙	浙江工商大学食品与生物工程学院	1	1	1.0	1.0