基于生物信息学的食管鳞状细胞癌生物标志物的筛选

• 作者: 李锋 贾爱群 薛全胜 孙海丽 黄亚彬
• 来源期刊: 健康必读
• 学科: 医学
• 关键词: 食管鳞状细胞癌 生物信息学 生物标志物 基因集 诊断
• 年，卷（期）: 2021,（30）
• 所属期刊栏目: 经验交流
• 页码范围: 256,255
• 页数: 2页
• 分类号: R8
• 语种: 中文

摘要

目的:通过生物信息学方法筛选食管鳞状细胞癌(ESCC)的生物标志物,为患者的早期诊断及预防治疗提供依据.方法:应用生物信息学方法对从基因表达综合数据库(GEO)中下载的GSE17351、GSE20347芯片数据进行差异性表达基因的筛选鉴定,并通过通路富集及蛋白互作网络(PPI)分析获得有价值的基因集,对比食管癌组织及正常组织中小脯氨酸富含蛋白3(SPRR3)、甲状腺激素受体相互作用因子13(TRIP13)、基质金属蛋白酶3(MMP3)的相对表达量.结果:生物信息学方法共筛选出138个差异性表达基因,主要富集于核分裂、细胞外区域、蛋白质结合等功能,主要参与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、花生四烯酸代谢物等通路途径.食管癌组织中SPRR3 mRNA的相对表达量为(10.85±3.02),明显低于正常组织的(14.43±4.11),TRIP13、MMP3mRNA的相对表达量分别为[(8.71±2.63)、(5.63±1.64)],均明显高于正常组织的[(6.62±2.05)、(3.72±1.01)],差异有统计学意义(P<0.05).结论:生物信息学方法筛选的SPRR3、TRIP13和MMP3基因集可以作为ESCC的生物标志物,为患者的临床诊断及治疗提供研究方向.