药用真菌茯苓基因组密码子使用偏性分析

• 作者: 韩利红 贾欣楠 陈仁欢 刘潮
• 来源期刊: 中国农业科技导报
• 学科: 医学
• 关键词: 茯苓 密码子使用偏性 最优密码子 选择压力 线粒体
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 生物技术生命科学|BIOTECHNOLOGY & LIFE SCIENCE
• 页码范围: 83-90
• 页数: 8页
• 分类号: R931|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.13304/j.nykjdb.2020.0827

摘要

为了解药用真菌茯苓基因组密码子使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特性的因素,以茯苓核基因组和线粒体基因组数据为研究对象,利用CodonW、Mega X和EMBOSS等软件对基因密码子使用偏性进行分析,根据中性绘图、奇偶偏性绘图、ENC-plot和对应性分析推测茯苓基因组密码子偏性形成的影响因素.茯苓核基因平均GC含量为57.28％,同义密码子第3位偏好G/C碱基;茯苓核基因密码子偏性主要受选择作用影响,而线粒体基因除了受选择作用影响,还受到较强的碱基突变影响;茯苓核基因部分同义密码子间RSCU值差异较大,高频密码子和最优密码子均以G/C结尾.茯苓核基因密码子偏性较强,进化过程中受到较强的环境和寄主选择作用.与酵母相比,大肠杆菌基因密码子使用模式更接近于茯苓,大肠杆菌可能更适合作为茯苓基因异源表达宿主.上述结果可为茯苓的分子进化及外源基因的转基因研究提供参考.