基于生物信息学筛选小细胞肺癌相关关键基因

• 作者: 纪珊珊 王思月 胡文倩 张雪梅 张志
• 来源期刊: 华北理工大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 小细胞肺癌 基因表达阵列 差异表达基因 关键基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 临床医学|Original Articles
• 页码范围: 85-93
• 页数: 9页
• 分类号: R734.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.19539/j.cnki.2095-2694.2022.02.001

摘要

目的 筛选与小细胞肺癌(SCLC)相关的关键基因,为后续生物学功能研究提供分子靶标.方法 首先从基因表达综合数据库(GEO)提取含有SCLC癌组织和癌旁组织基因表达数据的数据集GSE43346和GSE40275,用GEO2R在线程序分析SCLC癌组织和癌旁组织之间的差异表达基因(DEGs).使用DAVID数据库对SCLC的DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析以及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.使用STRING数据库构建DEGs的蛋白质相互作用网络(PPI),并用Cytoscape软件作图.使用Cytoscape中的MCODE和cytoHubba插件分析重要的功能模块及子模块中的关键基因.结果 GEO数据分析结果显示,SCLC癌组织和癌旁组织共有232个DEGs(151上调基因,81个下调基因).GO富集分析结果显示,DEGs主要参与细胞分裂等生物过程,构成细胞核等细胞组分,发挥蛋白质结合等分子功能.KEGG通路富集分析结果显示,DEGs主要富集于细胞周期、HTLV-I感染、癌症通路等.经过构建PPI网络,分析其重要的功能模块及其关键基因,结果鉴定出10个关键基因可与SCLC的发生相关.结论 CCNB2、BUB1、CCNA2、KIF11、BUB1B、NDC80、TOP2A、ASPM、PLK1、KIF20A可能在SCLC的发生发展中发挥重要作用.